申扎县属南羌塘高原大湖盆地带，地势较缓，丘陵、高山与盆地相间。丘顶与山地的相对高差一般在300－500米之间，坡度较大，有些地表多为风化的冻裂碎石堆和岩屑坡。在盆地低洼处，常漏水成湖且大小不等，河流纵横交错。南部和北部平均海拔在4800米以上中部偏低，海拔均在4700米左右。境内格仁错（湖）面积约700多平方公里。色林错（湖）面积1865平方公里，是藏北高原第二大咸水湖，也是申扎县与班戈县的界湖。属高原亚寒带半干旱季风气候区，空气稀薄，气候寒冷干燥，年平均八级以上大风达104.3天。霜期持续天数为279.1天。年日照时数为2915.5小时。年降水量298.6毫米。自然灾害主要是风、雪、旱灾及地震等。