琼结县处藏南谷地，雅鲁藏布江中游的琼结河流域。西、南、北三面环山，东面为狭窄谷地。地势西高东低，平均海拔3900米左右，最高海拔6450米。属高原温带半干旱季风气候区，有气温年较差小，日较差大，日照时间长，干湿季分明，降水集中，气候干燥，冬春多风等特点。年无霜期125-153天。年日照时数2830小时。年降水量345毫米自然灾害主要有旱、洪水、冰雹、病虫等。