加查地处藏南雅鲁藏布江中游河谷地带，四面环山，多河流峡谷地带。地势西高东低，平均海拔３２００米。聂拉降巴雪山海拔６７００米，为境内最高点。加查是雅鲁藏布江中游地区一个多水系、多湖泊分布的县，主要湖泊有拉姆拉错、雍错、江斯拉错等大小湖泊１６０个，面积较小，多系滑坡、泥石流、洪积及山崩等物质堵塞河谷而形成的堰塞湖。属高原温带半干旱季风型气候区，光照充足，辐射强，日温差大，雨季集中，冬春季干燥多风。年均气温８．９℃，年日照２７５０小时，年均降水４９２．７毫米，集中在５～９月，占全年降水量的９３％，无霜期１４９天。自然灾害主要有洪水、冰雹、霜冻、干旱、病虫害等，其中洪水是主要的自然灾害。冰雹年均３次，集中在７～８月。